1.-Programa Políticas de Salud Pública y Promoción de la Salud
2.-Programa de Salud Sexual y Reproductiva (salud materna, aborto seguro, salud perinatal y prevención y control de cáncer)
3.-Programa de Prevención y Control de Enfermedades Zoonóticas Emergentes
4.-Programa de Control de Enfermedades Transmitidas por Vector e Intoxicación por Veneno de Artrópodos
5.-Programa emergencias en Salud
6.-Programa VIH y otras ITS
7.-Programa Virus de de Hepatitis C
8.-Programa Nacional para la Prevención y Control de las Micobacterias (Tuberculosis y Lepra)
9.-Programa de Vacunación Universal